Neotask verbindet sich über Neotask mit 10x Genomics Cloud und gibt Forschern per Konversation Kontrolle über Einzelzell- und Spatial-Genomik-Workflows.
Cell Ranger, Space Ranger oder Loupe Browser-Pipelines starten, Run-Status überwachen und Analyseergebnisse und QC-Metriken abrufen
Datensätze durchsuchen, spezifische Ergebnisdateien herunterladen, Projekte organisieren und Experimente mit Zellzahlen und Qualitätsmetriken vergleichen
Datensätze teilen, Experimentzusammenfassungen exportieren und Probenherkunft über Quellbibliotheken und Analyseversionen verfolgen
Was Sie tun können
Neotask verbindet sich über Neotask mit 10x Genomics Cloud und gibt Forschern per Konversation Kontrolle über ihre Einzelzell- und Spatial-Genomik-Workflows - ohne komplexe Dashboards zu navigieren.
Pipeline-Management
Analyse-Pipelines starten - Cell Ranger, Space Ranger oder Loupe Browser-Workflows auslösen, indem Sie Ihre Experimentparameter in einfacher Sprache beschreiben
Run-Status überwachen - welche Pipelines laufen, in der Warteschlange oder abgeschlossen sind prüfen und Fehler aufdecken, ohne in die Cloud-Konsole einzuloggen
Ergebnisse abrufen - Analyseoutputs, QC-Metriken und Zusammenfassungsberichte für abgeschlossene Runs abrufen
Fehlgeschlagene Jobs erneut starten - fehlgeschlagene Pipeline-Schritte identifizieren und mit korrigierten Parametern erneut einreichen
Datensatz-Operationen
Datensätze durchsuchen - alle Datensätze in Ihrem Workspace nach Projekt, Probentyp oder Datum gefiltert auflisten
Outputs herunterladen - spezifische Ergebnisdateien wie gefilterte Feature-Barcode-Matrizen oder Gewebebild-Outputs abrufen
Projekte organisieren - Projektordner erstellen, Datensätze verschieben und konsistente Namenskonventionen im großen Maßstab pflegen
Experimente vergleichen - Metadaten über mehrere Runs abrufen, um Zellzahlen, Sequenzierungstiefe und Qualitätsmetriken nebeneinander zu vergleichen
Zusammenarbeit & Berichterstattung
Datensätze teilen - Freigabelinks generieren oder Mitarbeiter zu bestimmten Projekten hinzufügen
Zusammenfassungen exportieren - Experimentzusammenfassungen in strukturierten Formaten für Berichte oder nachgelagerte Analysetools abrufen
Probenherkunft verfolgen - abfragen, welche Proben aus welchen Quellbibliotheken stammen und welche Analyseversionen verwendet wurden
Fragen Sie zum Beispiel
"Zeige mir alle abgeschlossenen Cell Ranger-Runs diesen Monat"
"Wie hoch ist die Zellzahl und der Median der Gene pro Zelle für meinen letzten scRNA-seq-Run?"
"Lade die gefilterte Feature-Barcode-Matrix für Probe SRS_001 herunter"
"Starte die Pipeline für Probe ID xyz mit Chemieversion 3 erneut"
"Liste alle Datensätze im Tumor-Microenvironment-Projekt auf"
"Welche meiner letzten Runs haben QC nicht bestanden und was war der Grund?"
"Vergleiche die Sequenzierungssättigung über meine letzten 5 Runs"
"Füge meinen Kollegen [E-Mail] als Mitarbeiter zum Spatial Transcriptomics-Projekt hinzu"
Profi-Tipps
Neotask auf Neotask kann 10x Genomics Cloud-Ergebnisse mit Ihrem Laborbuch oder nachgelagerten Analysetools abgleichen - bitten Sie es, einen Run zusammenzufassen und automatisch eine Notiz in Notion oder Google Doc hinzuzufügen
Für große Experimentkohorten fragen Sie nach Batch-Zusammenfassungen statt Run für Run abzufragen - "gib mir eine Tabelle aller Runs dieses Quartals mit Zellzahl und Mapping-Rate"
Kombinieren Sie mit Compute-Integrationen über Neotask: eine 10x Pipeline auslösen, überwachen und Ihren Slack-Kanal benachrichtigen, wenn sie fertig ist
Verwenden Sie strukturierte Abfragen zur Durchsetzung von QC-Schwellenwerten: "zeige mir alle Proben, bei denen die Sequenzierungssättigung unter 50% liegt" deckt problematische Runs auf
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
Weitere Bildung-Integrationen
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