Automatisez l'analyse 10x Genomics Cloud via Neotask sur Neotask
Lancez et surveillez les pipelines d'analyse de séquençage cellulaire unique
Parcourez, téléchargez et organisez les jeux de données et résultats génomiques
Interrogez les métadonnées d'expériences et partagez les résultats entre équipes
Ce que vous pouvez faire
Neotask se connecte à 10x Genomics Cloud, offrant aux chercheurs un contrôle conversationnel sur leurs flux de travail de génomique unicellulaire et spatiale - sans naviguer dans des tableaux de bord complexes.
Gestion des pipelines
Lancer des pipelines d'analyse - Déclenchez les flux de travail Cell Ranger, Space Ranger ou Loupe Browser en décrivant vos paramètres d'expérience en langage courant
Surveiller l'état des exécutions - Vérifiez quels pipelines sont en cours, en file d'attente ou terminés et faites remonter les erreurs sans vous connecter à la console cloud
Récupérer les résultats - Obtenez les sorties d'analyse, les métriques de contrôle qualité et les rapports de synthèse des exécutions terminées
Relancer les tâches échouées - Identifiez les étapes de pipeline ayant échoué et resoumettez-les avec des paramètres corrigés
Opérations sur les jeux de données
Parcourir les jeux de données - Listez tous les jeux de données de votre espace de travail filtrés par projet, type d'échantillon ou date
Télécharger les sorties - Récupérez des fichiers de résultats spécifiques tels que les matrices de codes-barres de caractéristiques filtrées ou les sorties d'images tissulaires
Organiser les projets - Créez des dossiers de projet, déplacez des jeux de données et maintenez des conventions de nommage cohérentes à grande échelle
Comparer les expériences - Extrayez les métadonnées de plusieurs exécutions pour comparer les nombres de cellules, la profondeur de séquençage et les métriques de qualité côte à côte
Collaboration et rapports
Partager les jeux de données - Générez des liens de partage ou ajoutez des collaborateurs à des projets spécifiques
Exporter des synthèses - Extrayez des résumés d'expériences dans des formats structurés pour les rapports ou les outils d'analyse en aval
Suivre la lignée des échantillons - Interrogez quels échantillons proviennent de quelles bibliothèques sources et quelles versions d'analyse ont été utilisées
Essayez de demander
« Montre-moi toutes les exécutions Cell Ranger terminées ce mois-ci »
« Quel est le nombre de cellules et la médiane de gènes par cellule pour ma dernière exécution scRNA-seq ? »
« Télécharge la matrice de codes-barres de caractéristiques filtrée pour l'échantillon SRS_001 »
« Relance le pipeline pour l'identifiant d'échantillon xyz avec la version de chimie 3 »
« Liste tous les jeux de données du projet Microenvironnement Tumoral »
« Lesquelles de mes exécutions récentes ont échoué au contrôle qualité et quelle en était la raison ? »
« Compare la saturation de séquençage sur mes 5 dernières exécutions »
« Ajoute mon collègue [email] comme collaborateur sur le projet de Transcriptomique Spatiale »
Conseils de pro
Neotask sur Neotask peut croiser les résultats de 10x Genomics Cloud avec votre cahier de laboratoire ou vos outils d'analyse en aval - demandez-lui de résumer une exécution et d'ajouter automatiquement une note dans votre Notion ou Google Doc
Pour les grandes cohortes d'expériences, demandez des résumés par lot plutôt que d'interroger exécution par exécution - « donne-moi un tableau de toutes les exécutions de ce trimestre avec le nombre de cellules et le taux de cartographie »
Combinez avec des intégrations de calcul via Neotask: déclenchez un pipeline 10x, surveillez-le et notifiez votre canal Slack quand il est terminé
Utilisez des requêtes structurées pour appliquer des seuils de contrôle qualité: « montre-moi tous les échantillons où la saturation de séquençage est inférieure à 50 % » fait remonter les exécutions problématiques avant le début de l'analyse en aval
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
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