10x Genomics Cloud

Istruzione

Automatizza l'analisi su 10x Genomics Cloud attraverso Neotask su OpenClaw

Cosa Puoi Fare

Neotask si connette a 10x Genomics Cloud tramite OpenClaw, offrendo ai ricercatori un controllo conversazionale sui propri flussi di lavoro di genomica a singola cellula e spaziale — senza dover navigare in dashboard complesse.

Gestione delle Pipeline

  • Avvia pipeline di analisi — Attiva flussi di lavoro Cell Ranger, Space Ranger o Loupe Browser descrivendo i parametri del tuo esperimento in linguaggio naturale
  • Monitora lo stato delle esecuzioni — Controlla quali pipeline sono in esecuzione, in coda o completate e individua eventuali errori senza accedere alla console cloud
  • Recupera i risultati — Ottieni gli output delle analisi, le metriche QC e i report di sintesi per le esecuzioni completate
  • Riesegui i job falliti — Identifica i passaggi delle pipeline falliti e reinviali con parametri corretti

    • Operazioni sui Dataset

  • Esplora i dataset — Elenca tutti i dataset nel tuo workspace filtrati per progetto, tipo di campione o data
  • Scarica gli output — Ottieni file di risultati specifici come matrici filtrate feature-barcode o output di immagini tissutali
  • Organizza i progetti — Crea cartelle di progetto, sposta dataset e mantieni convenzioni di denominazione coerenti su larga scala
  • Confronta gli esperimenti — Estrai metadati da più esecuzioni per confrontare conteggi cellulari, profondità di sequenziamento e metriche di qualità fianco a fianco

    • Collaborazione e Reportistica

  • Condividi i dataset — Genera link di condivisione o aggiungi collaboratori a progetti specifici
  • Esporta le sintesi — Estrai le sintesi degli esperimenti in formati strutturati per report o strumenti di analisi a valle
  • Traccia la derivazione dei campioni — Interroga quali campioni provengono da quali librerie sorgente e quali versioni di analisi sono state utilizzate

    • Prova a Chiedere

  • "Mostrami tutte le esecuzioni Cell Ranger completate di questo mese"
  • "Qual è il conteggio cellulare e la mediana dei geni per cellula della mia ultima esecuzione scRNA-seq?"
  • "Scarica la matrice filtrata feature-barcode per il campione SRS_001"
  • "Riesegui la pipeline per l'ID campione xyz con la versione chimica 3"
  • "Elenca tutti i dataset nel progetto Microambiente Tumorale"
  • "Quali delle mie esecuzioni recenti hanno fallito il QC e qual era il motivo?"
  • "Confronta la saturazione del sequenziamento nelle mie ultime 5 esecuzioni"
  • "Aggiungi il mio collega [email] come collaboratore nel progetto Trascrittomica Spaziale"

    • Suggerimenti Utili

  • Neotask su OpenClaw può incrociare i risultati di 10x Genomics Cloud con il tuo quaderno di laboratorio o gli strumenti di analisi a valle — chiedigli di riassumere un'esecuzione e aggiungere una nota al tuo Notion o Google Doc automaticamente
  • Per grandi coorti di esperimenti, chiedi riepiloghi batch anziché interrogare esecuzione per esecuzione — "dammi una tabella di tutte le esecuzioni di questo trimestre con conteggio cellulare e tasso di mappatura"
  • Combina con le integrazioni di calcolo attraverso Neotask: avvia una pipeline 10x, monitorala e notifica il tuo canale Slack quando è completata
  • Usa query strutturate per applicare soglie QC: "mostrami tutti i campioni in cui la saturazione del sequenziamento è inferiore al 50%" fa emergere le esecuzioni problematiche prima che inizi l'analisi a valle

    • Works Well With