Automatizza l'analisi su 10x Genomics Cloud attraverso Neotask su Neotask
Avvia e monitora pipeline di analisi per il sequenziamento a singola cellula
Esplora, scarica e organizza dataset e risultati genomici
Interroga i metadati degli esperimenti e condividi le scoperte tra i team
Cosa Puoi Fare
Neotask si connette a 10x Genomics Cloud tramite Neotask, offrendo ai ricercatori un controllo conversazionale sui propri flussi di lavoro di genomica a singola cellula e spaziale - senza dover navigare in dashboard complesse.
Gestione delle Pipeline
Avvia pipeline di analisi - Attiva flussi di lavoro Cell Ranger, Space Ranger o Loupe Browser descrivendo i parametri del tuo esperimento in linguaggio naturale
Monitora lo stato delle esecuzioni - Controlla quali pipeline sono in esecuzione, in coda o completate e individua eventuali errori senza accedere alla console cloud
Recupera i risultati - Ottieni gli output delle analisi, le metriche QC e i report di sintesi per le esecuzioni completate
Riesegui i job falliti - Identifica i passaggi delle pipeline falliti e reinviali con parametri corretti
Operazioni sui Dataset
Esplora i dataset - Elenca tutti i dataset nel tuo workspace filtrati per progetto, tipo di campione o data
Scarica gli output - Ottieni file di risultati specifici come matrici filtrate feature-barcode o output di immagini tissutali
Organizza i progetti - Crea cartelle di progetto, sposta dataset e mantieni convenzioni di denominazione coerenti su larga scala
Confronta gli esperimenti - Estrai metadati da più esecuzioni per confrontare conteggi cellulari, profondità di sequenziamento e metriche di qualità fianco a fianco
Collaborazione e Reportistica
Condividi i dataset - Genera link di condivisione o aggiungi collaboratori a progetti specifici
Esporta le sintesi - Estrai le sintesi degli esperimenti in formati strutturati per report o strumenti di analisi a valle
Traccia la derivazione dei campioni - Interroga quali campioni provengono da quali librerie sorgente e quali versioni di analisi sono state utilizzate
Prova a Chiedere
"Mostrami tutte le esecuzioni Cell Ranger completate di questo mese"
"Qual è il conteggio cellulare e la mediana dei geni per cellula della mia ultima esecuzione scRNA-seq?"
"Scarica la matrice filtrata feature-barcode per il campione SRS_001"
"Riesegui la pipeline per l'ID campione xyz con la versione chimica 3"
"Elenca tutti i dataset nel progetto Microambiente Tumorale"
"Quali delle mie esecuzioni recenti hanno fallito il QC e qual era il motivo?"
"Confronta la saturazione del sequenziamento nelle mie ultime 5 esecuzioni"
"Aggiungi il mio collega [email] come collaboratore nel progetto Trascrittomica Spaziale"
Suggerimenti Utili
Neotask su Neotask può incrociare i risultati di 10x Genomics Cloud con il tuo quaderno di laboratorio o gli strumenti di analisi a valle - chiedigli di riassumere un'esecuzione e aggiungere una nota al tuo Notion o Google Doc automaticamente
Per grandi coorti di esperimenti, chiedi riepiloghi batch anziché interrogare esecuzione per esecuzione - "dammi una tabella di tutte le esecuzioni di questo trimestre con conteggio cellulare e tasso di mappatura"
Combina con le integrazioni di calcolo attraverso Neotask: avvia una pipeline 10x, monitorala e notifica il tuo canale Slack quando è completata
Usa query strutturate per applicare soglie QC: "mostrami tutti i campioni in cui la saturazione del sequenziamento è inferiore al 50%" fa emergere le esecuzioni problematiche prima che inizi l'analisi a valle
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
Altre integrazioni Istruzione
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