10x Genomics Cloud

教育

Neotask上のNeotaskを通じて10x Genomics Cloud解析を自動化

• シングルセルシーケンシング解析パイプラインの起動と監視
• ゲノミクスデータセットと結果の閲覧、ダウンロード、整理
• 実験メタデータのクエリとチーム間での知見の共有

できること

Neotaskは、Neotaskを通じて10x Genomics Cloudに接続し、複雑なダッシュボードを操作することなく、シングルセルおよび空間ゲノミクスワークフローを会話で制御できるようにします。

パイプライン管理

• 解析パイプラインの起動 - 実験パラメータを平易な日本語で説明するだけで、Cell Ranger、Space Ranger、またはLoupe Browserワークフローをトリガーできます
• 実行状況の監視 - クラウドコンソールにログインすることなく、実行中、キュー待ち、完了済みのパイプラインを確認し、エラーを表示できます
• 結果の取得 - 完了した実行の解析出力、QCメトリクス、サマリーレポートを取得できます
• 失敗したジョブの再実行 - 失敗したパイプラインステップを特定し、修正したパラメータで再送信できます

データセット操作

• データセットの閲覧 - プロジェクト、サンプルタイプ、または日付でフィルタリングして、ワークスペース内のすべてのデータセットを一覧表示できます
• 出力のダウンロード - フィルタリング済みフィーチャー・バーコードマトリクスや組織画像出力などの特定の結果ファイルを取得できます
• プロジェクトの整理 - プロジェクトフォルダの作成、データセットの移動、一貫した命名規則の大規模な維持ができます
• 実験の比較 - 複数の実行からメタデータを取得し、セル数、シーケンシング深度、品質メトリクスを並べて比較できます

コラボレーションとレポート

• データセットの共有 - 共有リンクの生成や特定のプロジェクトへのコラボレーターの追加ができます
• サマリーのエクスポート - レポートや下流解析ツール用に構造化されたフォーマットで実験サマリーを取得できます
• サンプル系統の追跡 - どのサンプルがどのソースライブラリから来たか、どの解析バージョンが使用されたかをクエリできます

試しに聞いてみてください

• 「今月完了したすべてのCell Ranger実行を表示して」
• 「最後のscRNA-seq実行のセル数と細胞あたりの中央遺伝子数は？」
• 「サンプルSRS_001のフィルタリング済みフィーチャー・バーコードマトリクスをダウンロードして」
• 「サンプルID xyzのパイプラインをケミストリーバージョン3で再実行して」
• 「腫瘍微小環境プロジェクトのすべてのデータセットを一覧表示して」
• 「最近の実行でQCに失敗したものはどれで、その理由は？」
• 「最後の5回の実行でシーケンシング飽和度を比較して」
• 「同僚[メール]を空間トランスクリプトミクスプロジェクトのコラボレーターとして追加して」

プロのヒント

• Neotask上のNeotaskは、10x Genomics Cloudの結果をラボノートや下流解析ツールと相互参照できます。実行を要約してNotionやGoogle Docに自動的にメモを追加するように依頼してみてください
• 大規模な実験コホートの場合、実行ごとにクエリするのではなく、バッチサマリーを依頼してください。「今四半期のすべての実行のセル数とマッピング率のテーブルをください」
• Neotaskを通じてコンピュート統合と組み合わせることができます：10xパイプラインをトリガーし、監視し、完了したらSlackチャンネルに通知します
• 構造化されたクエリを使用してQC閾値を適用してください：「シーケンシング飽和度が50%未満のすべてのサンプルを表示して」と尋ねると、下流解析が始まる前に問題のある実行を発見できます

Plans

Works Well With

• Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...

その他の教育インテグレーション

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• Coursera - 会話でCourseraのコース検索、受講登録、学習追跡 - NeotaskがNeotaskを使ってプロフェッショナル開発を簡単にします。
• Udemy - 自然な会話でUdemyコースを検索・評価・追跡 - NeotaskとNeotaskが世界最大のコースマーケットプレイスのナビゲートをシンプルにします。
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• Duolingo - 会話でDuolingoの練習を強化 - NeotaskはNeotaskを使って言語をより速く、より賢く学べるよう支援します。
• Google Classroom - NeotaskがGoogle Classroomの管理業務を自動化します - Neotaskがコース、課題、採点を管理するので、教師は雑務に費やす時間を減らし、教えることに集中できます。

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