10x Genomics Cloud

교육

Neotask의 Neotask을 통해 10x Genomics Cloud 분석을 자동화하세요

• 단일 세포 시퀀싱 분석 파이프라인을 시작하고 모니터링합니다
• 유전체학 데이터셋과 결과를 탐색, 다운로드 및 정리합니다
• 실험 메타데이터를 조회하고 팀 간에 연구 결과를 공유합니다

수행할 수 있는 작업

Neotask은 Neotask를 통해 10x Genomics Cloud에 연결되어 연구자가 복잡한 대시보드를 탐색하지 않고도 대화형으로 단일 세포 및 공간 유전체학 워크플로를 제어할 수 있습니다.

파이프라인 관리

• 분석 파이프라인 시작 - 실험 매개변수를 일반 영어로 설명하여 Cell Ranger, Space Ranger 또는 Loupe Browser 워크플로를 트리거합니다
• 실행 상태 모니터링 - 클라우드 콘솔에 로그인하지 않고도 어떤 파이프라인이 실행 중이거나, 대기 중이거나, 완료되었는지 확인하고 오류를 파악합니다
• 결과 검색 - 완료된 실행에 대한 분석 출력, QC 지표 및 요약 보고서를 가져옵니다
• 실패한 작업 재실행 - 실패한 파이프라인 단계를 식별하고 수정된 매개변수로 다시 제출합니다

데이터셋 작업

• 데이터셋 탐색 - 프로젝트, 샘플 유형 또는 날짜별로 필터링하여 워크스페이스의 모든 데이터셋을 나열합니다
• 출력 다운로드 - 필터링된 피처-바코드 행렬 또는 조직 이미지 출력과 같은 특정 결과 파일을 가져옵니다
• 프로젝트 정리 - 프로젝트 폴더를 만들고, 데이터셋을 이동하며, 대규모로 일관된 명명 규칙을 유지합니다
• 실험 비교 - 여러 실행에 걸쳐 메타데이터를 가져와 세포 수, 시퀀싱 깊이 및 품질 지표를 나란히 비교합니다

협업 및 보고

• 데이터셋 공유 - 공유 링크를 생성하거나 특정 프로젝트에 협력자를 추가합니다
• 요약 내보내기 - 보고서 또는 다운스트림 분석 도구를 위해 구조화된 형식으로 실험 요약을 가져옵니다
• 샘플 계보 추적 - 어떤 샘플이 어떤 소스 라이브러리에서 나왔는지, 어떤 분석 버전이 사용되었는지 조회합니다

이렇게 질문해 보세요

• "이번 달에 완료된 모든 Cell Ranger 실행을 보여 주세요"
• "마지막 scRNA-seq 실행의 세포 수와 세포당 중간 유전자 수는 얼마인가요?"
• "샘플 SRS_001에 대한 필터링된 피처-바코드 행렬을 다운로드해 주세요"
• "샘플 ID xyz에 대해 화학 버전 3으로 파이프라인을 다시 실행해 주세요"
• "종양 미세환경 프로젝트의 모든 데이터셋을 나열해 주세요"
• "최근 실행 중 QC에 실패한 것은 무엇이고 이유는 무엇인가요?"
• "최근 5회 실행에 걸쳐 시퀀싱 포화도를 비교해 주세요"
• "공간 전사체학 프로젝트에 동료 [이메일]을 협력자로 추가해 주세요"

전문가 팁

• Neotask의 Neotask은 10x Genomics Cloud 결과를 실험 노트 또는 다운스트림 분석 도구와 교차 참조할 수 있습니다 - 실행을 요약하고 Notion 또는 Google Doc에 자동으로 메모를 추가하도록 요청하세요
• 대규모 실험 코호트의 경우, 실행별로 조회하는 대신 일괄 요약을 요청하세요 - "이번 분기의 모든 실행에 대해 세포 수와 매핑률이 포함된 표를 만들어 주세요"
• Neotask을 통해 컴퓨팅 통합과 결합하세요: 10x 파이프라인을 트리거하고, 모니터링하며, 완료되면 Slack 채널에 알림을 보냅니다
• 구조화된 쿼리를 사용하여 QC 임계값을 적용하세요: "시퀀싱 포화도가 50% 미만인 모든 샘플을 보여 주세요"를 사용하면 다운스트림 분석 시작 전에 문제가 있는 실행을 파악할 수 있습니다

Plans

Works Well With

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