Automatyzuj analizy 10x Genomics Cloud za pomocą Neotask na Neotask
Uruchamiaj i monitoruj potoki analiz sekwencjonowania pojedynczych komórek
Przeglądaj, pobieraj i organizuj zestawy danych genomicznych oraz wyniki
Odpytuj metadane eksperymentów i udostępniaj wyniki między zespołami
Co możesz zrobić
Neotask łączy się z 10x Genomics Cloud poprzez Neotask, dając badaczom konwersacyjną kontrolę nad ich przepływami pracy w zakresie genomiki pojedynczych komórek i genomiki przestrzennej - bez konieczności nawigowania po skomplikowanych panelach.
Zarządzanie potokami
Uruchamiaj potoki analiz - Wyzwalaj przepływy Cell Ranger, Space Ranger lub Loupe Browser, opisując parametry eksperymentu prostym językiem
Monitoruj status uruchomień - Sprawdzaj, które potoki są uruchomione, w kolejce lub zakończone, i wyświetlaj ewentualne błędy bez logowania do konsoli chmurowej
Pobieraj wyniki - Ściągaj wyniki analiz, metryki QC i raporty podsumowujące dla zakończonych uruchomień
Ponawiaj nieudane zadania - Identyfikuj nieudane kroki potoku i przesyłaj je ponownie z poprawionymi parametrami
Operacje na zbiorach danych
Przeglądaj zbiory danych - Wyświetlaj wszystkie zbiory danych w swoim obszarze roboczym z filtrowaniem według projektu, typu próbki lub daty
Pobieraj wyniki - Ściągaj konkretne pliki wynikowe, takie jak przefiltrowane macierze cech-kodów kreskowych lub wyniki obrazowania tkanek
Organizuj projekty - Twórz foldery projektów, przenoś zbiory danych i utrzymuj spójne konwencje nazewnictwa na dużą skalę
Porównuj eksperymenty - Pobieraj metadane z wielu uruchomień, aby porównywać liczbę komórek, głębokość sekwencjonowania i metryki jakości obok siebie
Współpraca i raportowanie
Udostępniaj zbiory danych - Generuj linki do udostępniania lub dodawaj współpracowników do konkretnych projektów
Eksportuj podsumowania - Pobieraj podsumowania eksperymentów w ustrukturyzowanych formatach na potrzeby raportów lub narzędzi do dalszej analizy
Śledź pochodzenie próbek - Sprawdzaj, z których bibliotek źródłowych pochodzą próbki i jakie wersje analiz zostały użyte
Spróbuj zapytać
"Pokaż mi wszystkie zakończone uruchomienia Cell Ranger z tego miesiąca"
"Jaka jest liczba komórek i mediana genów na komórkę dla mojego ostatniego uruchomienia scRNA-seq?"
"Pobierz przefiltrowaną macierz cech-kodów kreskowych dla próbki SRS_001"
"Ponów uruchomienie potoku dla próbki o ID xyz z wersją chemii 3"
"Wyświetl wszystkie zbiory danych w projekcie Tumor Microenvironment"
"Które z moich ostatnich uruchomień nie przeszły QC i jaka była tego przyczyna?"
"Porównaj nasycenie sekwencjonowania dla moich ostatnich 5 uruchomień"
"Dodaj mojego kolegę [email] jako współpracownika w projekcie Spatial Transcriptomics"
Wskazówki dla zaawansowanych
Neotask na Neotask może porównywać wyniki z 10x Genomics Cloud z Twoim notatnikiem laboratoryjnym lub narzędziami do dalszej analizy - poproś go o podsumowanie uruchomienia i automatyczne dodanie notatki do Notion lub Google Doc
Dla dużych kohort eksperymentów proś o zbiorcze podsumowania zamiast odpytywania uruchomień pojedynczo - "podaj mi tabelę wszystkich uruchomień z tego kwartału z liczbą komórek i współczynnikiem mapowania"
Łącz z integracjami obliczeniowymi przez Neotask: uruchom potok 10x, monitoruj go i powiadamiaj swój kanał Slack, gdy się zakończy
Używaj ustrukturyzowanych zapytań do egzekwowania progów QC: "pokaż mi wszystkie próbki, gdzie nasycenie sekwencjonowania jest poniżej 50%" - to wyłapuje problematyczne uruchomienia przed rozpoczęciem dalszej analizy
Multiple workspaces and capacity for larger teams.
Works Well With
Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...
Więcej integracji Edukacja
italki language learning - Browse language teachers and book one-on-one or group lessons across more than 150 languages based on your schedule, level, and budget.
Coursera - Wyszukuj, zapisuj się i śledź swoją naukę na Coursera poprzez rozmowę - Neotask używa Neotask, aby rozwój zawodowy był bezproblemowy.
Udemy - Znajdź, oceń i śledź kursy Udemy poprzez naturalną rozmowę - Neotask i Neotask ułatwiają poruszanie się po największym na świecie rynku kursów.
ZZAIM - ZZAIM is aimed squarely at teachers working from Korea's official K-12 curriculum standards: it lets you search those standards by subject…
Duolingo - Wzmocnij swoją praktykę Duolingo poprzez rozmowę - Neotask używa Neotask, aby pomóc Ci uczyć się języków szybciej i mądrzej.
Google Classroom - Neotask automatyzuje administrację Google Classroom - Neotask zarządza kursami, zadaniami i ocenianiem, aby nauczyciele spędzali mniej czasu na pracy administracyjnej, a więcej na nauczaniu.