10x Genomics Cloud

Giáo dục

Tự động hóa phân tích 10x Genomics Cloud thông qua Neotask trên OpenClaw

Những gì bạn có thể làm

Neotask kết nối với 10x Genomics Cloud thông qua OpenClaw, mang đến cho các nhà nghiên cứu khả năng điều khiển bằng hội thoại đối với các quy trình làm việc genomics đơn bào và không gian — mà không cần điều hướng qua các bảng điều khiển phức tạp.

Quản lý quy trình phân tích

  • Khởi chạy quy trình phân tích — Kích hoạt các quy trình làm việc Cell Ranger, Space Ranger hoặc Loupe Browser bằng cách mô tả các thông số thí nghiệm của bạn bằng tiếng Anh đơn giản
  • Giám sát trạng thái chạy — Kiểm tra quy trình nào đang chạy, đang chờ hoặc đã hoàn tất và hiển thị bất kỳ lỗi nào mà không cần đăng nhập vào bảng điều khiển đám mây
  • Truy xuất kết quả — Lấy các đầu ra phân tích, chỉ số QC và báo cáo tóm tắt cho các lần chạy đã hoàn tất
  • Chạy lại các công việc thất bại — Xác định các bước quy trình thất bại và gửi lại với các thông số đã sửa

    • Thao tác bộ dữ liệu

  • Duyệt bộ dữ liệu — Liệt kê tất cả các bộ dữ liệu trong không gian làm việc của bạn được lọc theo dự án, loại mẫu hoặc ngày
  • Tải xuống đầu ra — Lấy các tệp kết quả cụ thể như ma trận đặc trưng-mã vạch đã lọc hoặc đầu ra hình ảnh mô
  • Sắp xếp dự án — Tạo thư mục dự án, di chuyển bộ dữ liệu và duy trì quy ước đặt tên nhất quán ở quy mô lớn
  • So sánh thí nghiệm — Lấy siêu dữ liệu từ nhiều lần chạy để so sánh số lượng tế bào, độ sâu giải trình tự và các chỉ số chất lượng cạnh nhau

    • Cộng tác & Báo cáo

  • Chia sẻ bộ dữ liệu — Tạo liên kết chia sẻ hoặc thêm cộng tác viên vào các dự án cụ thể
  • Xuất bản tóm tắt — Lấy bản tóm tắt thí nghiệm ở định dạng có cấu trúc cho báo cáo hoặc công cụ phân tích hạ nguồn
  • Theo dõi nguồn gốc mẫu — Truy vấn mẫu nào đến từ thư viện nguồn nào và phiên bản phân tích nào đã được sử dụng

    • Thử hỏi

  • "Hiển thị cho tôi tất cả các lần chạy Cell Ranger đã hoàn tất trong tháng này"
  • "Số lượng tế bào và số gen trung vị trên mỗi tế bào cho lần chạy scRNA-seq gần nhất của tôi là bao nhiêu?"
  • "Tải xuống ma trận đặc trưng-mã vạch đã lọc cho mẫu SRS_001"
  • "Chạy lại quy trình cho mẫu ID xyz với phiên bản hóa học 3"
  • "Liệt kê tất cả các bộ dữ liệu trong dự án Vi môi trường khối u"
  • "Lần chạy gần đây nào của tôi không đạt QC và lý do là gì?"
  • "So sánh độ bão hòa giải trình tự trong 5 lần chạy gần nhất của tôi"
  • "Thêm đồng nghiệp của tôi [email] làm cộng tác viên trong dự án Phiên mã không gian"

    • Mẹo chuyên nghiệp

  • Neotask trên OpenClaw có thể đối chiếu kết quả 10x Genomics Cloud với sổ tay phòng thí nghiệm hoặc công cụ phân tích hạ nguồn của bạn — yêu cầu nó tóm tắt một lần chạy và tự động thêm ghi chú vào Notion hoặc Google Doc của bạn
  • Đối với các nhóm thí nghiệm lớn, hãy yêu cầu tóm tắt theo lô thay vì truy vấn từng lần chạy — "cho tôi bảng tất cả các lần chạy trong quý này với số lượng tế bào và tỷ lệ ánh xạ"
  • Kết hợp với các tích hợp tính toán thông qua Neotask: kích hoạt quy trình 10x, giám sát nó và thông báo cho kênh Slack của bạn khi hoàn tất
  • Sử dụng truy vấn có cấu trúc để áp dụng ngưỡng QC: "hiển thị cho tôi tất cả các mẫu có độ bão hòa giải trình tự dưới 50%" phát hiện các lần chạy có vấn đề trước khi bắt đầu phân tích hạ nguồn

    • Works Well With