10x Genomics Cloud

教育

通过 Neotask 在 Neotask 上自动化 10x Genomics Cloud 分析

• 启动和监控单细胞测序分析流水线
• 浏览、下载和组织基因组学数据集和结果
• 查询实验元数据并跨团队共享发现

你可以做什么

Neotask 通过 Neotask 连接到 10x Genomics Cloud，让研究人员通过对话控制单细胞和空间基因组学工作流--无需浏览复杂的控制台。

流水线管理

• 启动分析流水线 - 用自然语言描述您的实验参数，即可触发 Cell Ranger、Space Ranger 或 Loupe Browser 工作流
• 监控运行状态 - 检查哪些流水线正在运行、排队中或已完成，无需登录云控制台即可发现错误
• 获取结果 - 提取已完成运行的分析输出、QC 指标和摘要报告
• 重新运行失败任务 - 识别失败的流水线步骤并使用修正后的参数重新提交

数据集操作

• 浏览数据集 - 按项目、样本类型或日期筛选，列出工作区中的所有数据集
• 下载输出 - 获取特定结果文件，如过滤后的特征-条码矩阵或组织图像输出
• 组织项目 - 创建项目文件夹、移动数据集并大规模维护一致的命名规范
• 比较实验 - 跨多次运行提取元数据，并排比较细胞计数、测序深度和质量指标

协作与报告

• 共享数据集 - 生成共享链接或向特定项目添加协作者
• 导出摘要 - 以结构化格式提取实验摘要，用于报告或下游分析工具
• 追踪样本谱系 - 查询哪些样本来自哪些源文库以及使用了哪些分析版本

试试这样问

• "显示本月所有已完成的 Cell Ranger 运行"
• "我上一次 scRNA-seq 运行的细胞计数和每细胞基因中位数是多少？"
• "下载样本 SRS_001 的过滤后特征-条码矩阵"
• "使用化学版本 3 重新运行样本 ID xyz 的流水线"
• "列出肿瘤微环境项目中的所有数据集"
• "我最近哪些运行未通过 QC？原因是什么？"
• "比较我最近 5 次运行的测序饱和度"
• "将我的同事 [email] 添加为空间转录组学项目的协作者"

专业技巧

• Neotask 在 Neotask 上可以将 10x Genomics Cloud 结果与您的实验记录或下游分析工具交叉引用--让它总结一次运行并自动将笔记添加到您的 Notion 或 Google Doc
• 对于大型实验队列，要求批次摘要而非逐次查询--"给我一份本季度所有运行的表格，包含细胞计数和比对率"
• 通过 Neotask 与计算集成结合：触发 10x 流水线、监控它，并在完成后通知您的 Slack 频道
• 使用结构化查询强制执行 QC 阈值："显示所有测序饱和度低于 50% 的样本"可在下游分析之前发现问题运行

Plans

Works Well With

• Google Drive - Automate 10x Genomics data sync to Google Drive. Streamline genomics workflows, store research files in the cloud, and c...

更多 教育 集成

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